Пещера названа в честь охотника Магелана Аракеляна, который её обнаружил в 1980 г. Одна из самых больших в стране, пещера исследована лишь частично, множество коротких ответвлений до сих пор не изучены.

Главный вход низок и узок – человеку приходится вползать внутрь, после чего он оказывается в довольно просторной комнате шириной 10-15 метров. В эпоху неолита тут находилось поселение, о чем свидетельствуют найденные медвежьи кости, каменные орудия труда и другие изделия. Есть находки, датируемые IX веком, скопления сталактитов и сталагмитов.

Благодаря глубине, в пещере постоянно держится температура 14°C – это уникальная подземная экосистема, где гнездятся тысячи летучих мышей, некоторые из них внесены в красную книгу. Ни одна популяция не является такой изобилующей и разнообразной, как в пещере Магил, где представлено более 65% фауны рукокрылых Европы.

Один из красивейших природных спектаклей каждый летний вечер – вылетающие из пещеры летучие мыши, превращающиеся в живое облако, которое, извиваясь и изворачиваясь, носится в вечернем воздухе.